Очистка двигуна водневою установко відбувається без його розбору. Тривалість очистки в середньому 60 хвилин.
У ДВЗ через повітрозабірник, протягом регламентованого періоду часу, подається водень чистотою 99,8%. Двигун працює на холостому ходу із періодичними прогазовками. Весь нагар вилітає через вихлопну систему у вигляді дрібнодисперсного пилу та сажі, а також у вигляді брудної рідини (конденсату). Водень сприяє повному згорянню палива. Завдяки своїй атомарній структурі він проникає у вуглецеві відкладення та пришвидшує процес руйнування молекулярних сполук.
Продуктом згоряння водню є водяна пара, яка проникаючи у вихлопний тракт автомобіля при високій температурі вимиває нагар та очищає каталізатор чи сажевий фільтр.